El Retrato de un músico es la única pintura sobre tabla de Leonardo que queda en Milán. Tradicionalmente se pensaba que representaba a Ludovico el Moro, duque de Milán, pero cuando las restauraciones de 1905 eliminaron el repintado e hicieron resurgir en la parte inferior la mano con la voluta musical, se empezó a hablar del retrato de un Músico. , ahora identificado con Franchino Gaffurio (maestro de capilla de la Catedral de Milán), ahora con el cantor franco-flamenco Josquin des Prez, ambos presentes en la corte de los moros. Más recientemente, se ha adelantado la hipótesis de que se trata de Atalante Migliorotti, músico toscano y amigo de Leonardo, quien vino con él a Milán como cantante y hábil intérprete de la lira.

Este espléndido tondo de Sandro Botticelli, ejecutado con punta de pincel con una atención miniaturista, propone un tema religioso aparentemente convencional (la Virgen con el Niño), pero en realidad lleno de simbolismo. Ya la misma tienda, o "pabellón", es uno de los símbolos bíblicos más importantes tanto en el Antiguo Testamento (la "tienda de reunión" como lugar de la presencia de Dios), como en el Nuevo Testamento (en el Evangelio de Juan, para resumir el misterio de la Encarnación, leemos: "Y el Verbo se hizo carne y "plantó su tienda" entre nosotros"). Los dos ángeles que abren la "cortina" revelan así el misterio de la Encarnación: el Hijo de Dios que se hizo niño y nació de la Virgen Madre.

Seguramente este dibujo se encuentra entre las obras más preciadas de la colección y de la ciudad de Milán. Es el cartón renacentista más grande que ha sobrevivido y fue ejecutado por Raffaello Sanzio, como preparación para el fresco en la Stanza della Segnatura en el Vaticano, que fue pintado por Julio II. Pasó a formar parte de la colección de Federico Borromeo en 1626, cuando se lo compró a la viuda de Fabio Borromeo Visconti por la enorme suma de seiscientas liras imperiales, aunque ya en 1610 estaba prestado en la Ambrosiana. Escuela de Atenas, el título más exacto sería La Filosofia, como sugiere la alegoría del mismo nombre pintada en la vela sobre el fresco de la Stanza della Segnatura, según un proyecto iconográfico muy complejo. En el centro son reconocibles los dos grandes filósofos Platón (pintado a semejanza de Leonardo, con el dedo apuntando hacia arriba y reconocible porque sostiene el Timeo, una de sus obras que influyó mucho en la filosofía posterior) y Aristóteles, identificable por libro de la ética

Esta hermosa pintura fue considerada por Federico Borromeo "una de las cosas más queridas que tengo" y se ha planteado la hipótesis de que la guardó en su estudio en el palacio del arzobispo, tanto que pasó a formar parte de la colección ambrosiana recién a su muerte. Ha habido largas discusiones sobre la autoría de la obra, pero recientemente se ha afirmado que "la definición de réplica autógrafa para el ejemplo milanés es la más adecuada". Una pintura idéntica, probablemente la versión original vista por Federico Borromeo, se conserva en el Museo del Prado de Madrid y fue donada en 1605 a la reina de España Margarita de Austria por Francesco Maria Della Rovere, duque de Urbino. Desde el punto de vista iconográfico, es interesante notar que la pintura carece totalmente de cualquier fuente de luz natural o artificial, ya que todo está inundado por la luz divina que irradia el rostro del Niño Jesús, como se narra en uno de los evangelios apócrifos.

Es probablemente la obra más famosa de la colección del cardenal Federico Borromeo y se la considera, con razón, una especie de prototipo de la "naturaleza muerta". Representa una cesta de mimbre de la que rebosan frutos y hojas. De ella se han dado muchas interpretaciones: sin duda el extremo realismo y las hojas que se van secando progresivamente hacen perceptible el inexorable fluir del tiempo.

Es sin duda el más impresionante de los cuatro cuadros, aquel en el que la imaginación del artista ha encontrado mayores posibilidades de expresión. El elemento fuego se menciona por primera vez en el gran fuego. El pintor, sin embargo, quiso desarrollar el tema del fuego también a través de la representación de un gran taller. Para producir objetos es necesario utilizar la fuerza del fuego, esta vez ya no indomable y destructivo, sino domesticado por el hombre en el horno.