La Pinacoteca Manfrediniana doit son nom au marquis Federico Manfredini (Rovigo 1743 - Campoverardo 1829) qui a rassemblé la collection au cours de sa laborieuse existence au service des Grands-Ducs de Toscane et dans le repos de la campagne vénitienne où il se retira une fois congédié de ses fonctions. Par testament, il a souhaité que la plupart des peintures de sa galerie soient conservées au Séminaire Patriarcal de Venise. Très probablement, cette volonté a pris forme chez le marquis Manfredini suite à l'estime qu'il portait aux patriarches de Venise, Giambattista Ladislao Pyrker et Jacopo Monico. Le lien étroit avec don Giannantonio Moschini, un somasque passé au clergé séculier après les décrets napoléoniens, a certainement joué un rôle déterminant. Érudit et passionné d'art, il a continué à résider au Séminaire et à se consacrer à la protection du patrimoine historico-artistique de la désormais disparue Sérénissime République.

La Galerie compte 65 peintures sur toile, bois et cuivre; elle rassemble des œuvres de l'école picturale du centre de l'Italie, mais aussi du nord de l'Europe, ainsi que des copies anciennes d'exemplaires célèbres aujourd'hui conservés au Louvre ou à l'Ermitage.

Depuis 2019, la Pinacoteca Manfrediniana est devenue le Musée diocésain du Patriarcat de Venise. Il s'agit d'un signe supplémentaire de la centralité que le pôle de la Salute a acquise en tant que cœur de la proposition culturelle de l'Église vénitienne.