El Museo Civico Arqueológico se encuentra en pleno centro histórico, a pocos pasos de la Piazza Maggiore. Abierto desde 1881, alberga las colecciones provenientes del antiguo Museo Universitario, de la colección del pintor Pelagio Palagi y los hallazgos provenientes de las excavaciones realizadas en Bolonia y sus alrededores entre finales del siglo XIX y principios del siglo XX. Se sitúa entre las colecciones arqueológicas italianas más importantes, especialmente en lo que respecta a la historia etrusca, y su colección egipcia es una de las más importantes de Europa.

La visita se puede estructurar siguiendo dos itinerarios principales: la HISTORIA DE BOLOGNA desde la prehistoria hasta la época romana, y el recorrido de las COLECCIONES HISTÓRICAS, que incluye antigüedades egipcias, prehistóricas, griegas, romanas y etrusco-itálicas.

Entre las colecciones históricas del Museo destaca la colección egipcia, que conserva los preciosos relieves provenientes de la tumba de Horemheb en Saqqara y la hermosa estatuilla funeraria (“ushabti”) del faraón Sety I. También se destacan la colección etrusco-itálica, la colección romana y la colección griega: esta última conserva la cabeza en mármol de la Atenea Lemnia, copia de la estatua en bronce de Fidias colocada en la entrada de la Acrópolis de Atenas en el siglo V a.C. 

Dentro de la rica documentación arqueológica boloñesa, que ilustra la historia más antigua de la ciudad y sus alrededores desde el paleolítico hasta la época romana, los materiales de la civilización etrusca, incluyendo el askos Benacci, la situla de la Certosa y las imponentes estelas de arenisca, constituyen el núcleo más importante del Museo y documentan el desarrollo de Felsina (el nombre etrusco de Bolonia) desde el siglo IX a.C. hasta principios del siglo IV a.C. La sección gala documenta la presencia de los Celtas en la ciudad entre los siglos IV y II a.C., así como la vida de la ciudad romana de Bononia, fundada en el 189 a.C. A la decoración del teatro romano, descubierto en el actual centro de la ciudad, se le atribuye la hermosa estatua sin cabeza de Nerón que recibe a los visitantes en el atrio del Museo.