Le Musée Civico Archeologico est situé en plein cœur du centre historique, à quelques pas de la Piazza Maggiore. Ouvert depuis 1881, il abrite les collections provenant de l'ancien Musée Universitaire, de la collection du peintre Pelagio Palagi et des découvertes des fouilles menées à Bologne et dans ses environs entre la fin du XIXe siècle et le début du XXe siècle. Il est l'une des plus importantes collections archéologiques italiennes, notamment en ce qui concerne l'histoire étrusque, et sa collection égyptienne est l'une des plus importantes d'Europe.

La visite peut être articulée en suivant deux itinéraires principaux : l'HISTOIRE DE BOLOGNE de la préhistoire à l'époque romaine, et le parcours des COLLECTIONS HISTORIQUES, comprenant des antiquités égyptiennes, préhistoriques, grecques, romaines et étrusco-italiques.

Parmi les collections historiques du Musée, la collection égyptienne se distingue, conservant les précieux reliefs de la tombe de Horemheb à Saqqara et la magnifique statuette funéraire ("ushabti") du pharaon Séthy Ier. On y trouve également la collection étrusco-italique, la collection romaine et la collection grecque : cette dernière abrite la tête en marbre de l'Athéna Lemnia, copie de l'époque augustéenne de la statue en bronze de Phidias placée à l'entrée de l'Acropole d'Athènes au Ve siècle av. J.-C. 

Dans le cadre de la riche documentation archéologique bolognaise, qui illustre l'histoire la plus ancienne de la ville et de ses environs du paléolithique à l'époque romaine, les matériaux de la civilisation étrusque, tels que l'askos Benacci, la situle de la Certosa et les imposantes stèles en grès, constituent le noyau le plus important du Musée et documentent le développement de Felsina (le nom étrusque de Bologne) du IXe siècle av. J.-C. jusqu'au début du IVe siècle av. J.-C. La section gauloise témoigne de la présence des Celtes dans la ville entre le IVe et le IIe siècle av. J.-C., tout comme la vie bien documentée de la ville romaine de Bononia, fondée en 189 av. J.-C. La magnifique statue sans tête de Néron, qui accueille les visiteurs dans le hall du Musée, est attribuée à la décoration du théâtre romain, mis au jour dans le centre-ville actuel.