Le musée de zoologie est l'un des plus anciens musées scientifiques romains.

Son origine remonte au début du XIXe siècle, avec les collections zoologiques de l'Archiginnasio Pontificio, liées à la chaire d'histoire naturelle et de minéralogie, créée en 1804 par Pie VII.

En 1853, Pie IX fit du Musée de Zoologie une entité autonome, avec son propre directeur et son propre siège dans le Palazzo della Sapienza du XVIIIe siècle. Il se composait de trois grandes salles, avec des matériaux zoologiques exposés dans des vitrines, de manière plus artistique que scientifique, suivant l'idée directrice du "cabinet de curiosités" du siècle précédent.

Vers la fin du siècle, sous la direction d'Antonio Carruccio, un projet culturel clair a été réalisé, qui a produit l'enrichissement des collections, la recherche sur celles-ci, l'enseignement, la relation avec le territoire et avec les associations.

Son successeur, Federico Raffaele, a fondé le véritable Institut de Zoologie, d'abord au Palazzo Carpegna, plus tard dans le bâtiment Viale Università inauguré en 1971, sous la direction de Pasquale Pasquini.

Les collections muséologiques , suite à un accord stipulé en 1932 entre l'Université et la Municipalité de Rome, sont allées constituer le Musée Civique de Zoologie au Jardin Zoologique.

Certaines collections, principalement à usage pédagogique, sont restées à l'Institut de zoologie, où d'importantes collections zoologiques rassemblées au cours des programmes de recherche sur la faune, en Italie et dans divers pays d'autres continents, menées par les chercheurs de l'Institut se sont ensuite accumulées.

En 1977, l'Institut national d'entomologie a été dissous et son patrimoine et la revue Fragmenta entomologica sont passés à l'Institut de zoologie de l'Université, qui en 1979 a créé sa propre section muséale.

Depuis 1984, l'Institut de zoologie, en collaboration avec les instituts d'anatomie comparée et d'anthropologie, a créé le Département de biologie animale et humaine, actuellement le Département de biologie et de biotechnologie Charles Darwin.