Le fondateur du Musée de la mercéologie était le professeur Vittorio Villavecchia et l'origine des collections remonte à 1906 lorsque les premières découvertes ont eu lieu au Laboratoire central de la Gabelle à Rome.

Le Musée a suivi les vicissitudes de la Faculté d'économie et de commerce, en fait, il a été transféré du site historique de la Piazza Borghese à la via del Castro Laurenziano.

En 1980, l'ensemble des collections a été réévalué en tant que bien culturel, accessible au public, afin de permettre l'accès aux étudiants et aux visiteurs intéressés par les progrès scientifiques dans le domaine de l'instrumentation et des matières premières dans tous les secteurs d'activité économique et commerciale.

Aujourd'hui, le musée s'étend sur une superficie totale d'environ 270 mètres carrés et les découvertes sont exposées dans une seule salle, mais divisées en secteurs qui peuvent être visités en suivant un parcours spécifique.