Das Zoologische Museum ist eines der ältesten römischen Wissenschaftsmuseen.

Sein Ursprung geht auf das frühe neunzehnte Jahrhundert zurück, mit den zoologischen Sammlungen des Archiginnasio Pontificio, die mit dem Lehrstuhl für Naturgeschichte und Mineralogie verbunden sind, der 1804 von Pius VII. gegründet wurde.

1853 machte Pius IX. das Museum für Zoologie zu einer autonomen Einheit mit einem eigenen Direktor und einem eigenen Hauptsitz im Palazzo della Sapienza aus dem 18. Jahrhundert. Es bestand aus drei großen Sälen, in denen zoologische Materialien in Vitrinen eher künstlerisch als wissenschaftlich ausgestellt wurden, ganz dem Leitgedanken der „Wunderkammer“ des vorigen Jahrhunderts folgend.

Gegen Ende des Jahrhunderts wurde unter der Leitung von Antonio Carruccio ein klares kulturelles Projekt durchgeführt, das die Bereicherung der Sammlungen, deren Erforschung, Lehre, die Beziehung zum Territorium und zu Vereinen hervorbrachte.

Sein Nachfolger Federico Raffaele gründete unter der Leitung von Pasquale Pasquini das eigentliche Institut für Zoologie, zunächst im Palazzo Carpegna, später im Gebäude der 1971 eingeweihten Viale Università.

Die museologischen Sammlungen wurden nach einer Vereinbarung aus dem Jahr 1932 zwischen der Universität und der Stadt Rom in das Städtische Museum für Zoologie im Zoologischen Garten umgewandelt.

Einige Sammlungen, hauptsächlich für Bildungszwecke, verblieben im Institut für Zoologie, wo wichtige zoologische Sammlungen , die während der von den Forschern des Instituts durchgeführten Wildtierforschungsprogramme in Italien und in verschiedenen Ländern anderer Kontinente gesammelt wurden, gesammelt wurden.

1977 wurde das Nationale Institut für Entomologie aufgelöst und sein Erbe und die Zeitschrift Fragmenta entomologica gingen an das Institut für Zoologie der Universität, das 1979 eine eigene Museumsabteilung einrichtete.

Seit 1984 hat das Institut für Zoologie zusammen mit den Instituten für Vergleichende Anatomie und Anthropologie die Abteilung für Tier- und Humanbiologie gegründet, derzeit die Charles-Darwin-Abteilung für Biologie und Biotechnologie.