El Museo de Zoología es uno de los museos de ciencia romanos más antiguos.

Su origen se remonta a principios del siglo XIX, con las colecciones zoológicas del Archiginnasio Pontificio, vinculadas a la Cátedra de Historia Natural y Mineralogía, creada en 1804 por Pío VII.

En 1853, Pío IX hizo del Museo de Zoología una entidad autónoma, con su propio director y su propia sede en el Palazzo della Sapienza del siglo XVIII. Constaba de tres grandes salas, con materiales zoológicos expuestos en vitrinas, de forma más artística que científica, siguiendo la idea rectora del "gabinete de curiosidades" del siglo anterior.

Hacia finales de siglo, bajo la dirección de Antonio Carruccio, se llevó a cabo un claro proyecto cultural, que produjo el enriquecimiento de las colecciones, la investigación sobre las mismas, la docencia, la relación con el territorio y con el asociacionismo.

Su sucesor, Federico Raffaele, fundó el verdadero Instituto de Zoología, inicialmente en el Palacio Carpegna, luego en el edificio Viale Università inaugurado en 1971, bajo la dirección de Pasquale Pasquini.

Las colecciones museológicas , siguiendo un acuerdo estipulado en 1932 entre la Universidad y el Municipio de Roma, pasaron a constituir el Museo Cívico de Zoología en el Jardín Zoológico.

Algunas colecciones, en su mayoría para uso educativo, permanecieron en el Instituto de Zoología, donde luego se acumularon importantes colecciones zoológicas reunidas durante los programas de investigación de la vida silvestre, en Italia y en varios países de otros continentes, realizados por los investigadores del Instituto.

En 1977 se disuelve el Instituto Nacional de Entomología y su patrimonio y la revista Fragmenta entomologica pasan al Instituto Universitario de Zoología, que en 1979 crea su propia sección Museo.

Desde 1984 el Instituto de Zoología, junto con los institutos de Anatomía Comparada y Antropología, establecieron el Departamento de Biología Animal y Humana, actualmente el Departamento de Biología y Biotecnología Charles Darwin.