Le Musée de l'herbier a été fondé en 1872 sous la direction de Giuseppe De Notaris (1805-1877), l'une des figures les plus autorisées dans le domaine de la botanique , appelé à Rome pour occuper la chaire de botanique à l'Université, à l'époque à via Panisperna.

L'aménagement actuel du Musée de l'Herbier remonte à 1938, année où les collections furent définitivement transférées dans les locaux de l' Institut Botanique de la Nouvelle Cité Universitaire.

Actuellement, le musée de l'herbier se compose de nombreuses collections historiques et contemporaines , dont la cohérence globale est estimée à plus d'un million de spécimens, une évaluation qui le place parmi les principaux herbiers italiens et européens.

Le Musée de l'Herbier , désormais inscrit à l' Index Herbariorum , réseau international d'Herbiers avec l'acronyme RO, est en pleine activité et ses collections ne cessent de s'enrichir : deux importants herbiers , Erbario Fanelli (10 000 spécimens) ont été récemment acquis et le Herbier Lattanzi (16 000 spécimens).

A partir de 2020, le projet « HeRO-Herbarium Ro Online » est entré en pleine opération, qui envisage la valorisation du patrimoine du Musée de l'Herbier par la numérisation et la mise en ligne progressive des collections du musée .