Palazzo Poggi , siège du rectorat de l'Université de Bologne, conserve quelques collections historiques de l'Institut des Sciences , fondé en 1711 par Luigi Ferdinando Marsili.

L' Aula Carducci , dédiée au poète du même nom et où il enseigna, ouvre le musée du Palazzo Poggi : le mobilier d'origine est conservé, ainsi que le buste en bronze réalisé à Rome par Bastianelli . En face se trouve la salle d'Hercule , avec la statue homonyme en rocher sculptée en 1730 par Angelo Piò, déjà située dans la cour du bâtiment.

Palazzo Poggi abrite également le Musée historique de l'étude et le huitième centenaire qui   il conserve des centaines de documents du XIe siècle, parchemins, codex, incunables, sceaux, diplômes, statuts, donations, autographes, médailles, insignes rectoraux . Parmi les nombreux souvenirs du musée se trouve la toge de Luigi Galvani . De plus, plus d'une vingtaine de portraits à l'huile et environ six cents œuvres réparties dans les salles du rectorat et de la bibliothèque sont exposées. La collection comprend des œuvres de Donato Creti, Lucia Casalini Torelli, Vandi, Zanotti, Keeble, Crescimbeni , ainsi que le buste en marbre d'Eustachio Manfredi, sculpté par le célèbre anatomiste Ercole Lelli.

Le musée Aldrovandiano du Palazzo Poggi conserve une petite partie de l'immense patrimoine qui constituait la collection donnée au Sénat en 1603. Le noyau Aldrovandiano expose, dans les vitrines du XVIIIe siècle, les splendides tableaux d'aquarelles qui accompagnent les volumes de "Histoire naturelle" ainsi que des minéraux, des fossiles, des animaux séchés ou empaillés, les fameuses 'Ranina Aldrovandi', préparations d'origine végétale ou animale. Le matériel des collections comprend également la correspondance et les œuvres du naturaliste illustrées par un ensemble de tablettes gravées sur bois, un riche herbier en seize volumes, quatre portraits dont un de Palagi et un portrait en mosaïque de Benoît XIV.

Le musée Marsiliano a été inauguré au Palazzo Poggi en 1714 et est divisé en deux salles du bâtiment et est en grande partie composé de matériaux en papier. Voici des manuscrits et des imprimés qui documentent les études de Marsili de l'antiquité classique à l'art militaire, de la géographie à l'ethnologie aux sciences naturelles. Des maquettes en bois de fortifications sont également visibles, ainsi que des maquettes en bronze de canons et de mortiers provenant des salles d'architecture militaire de l'Institut des sciences. De là viennent des cartes géographiques, des manuscrits et des dessins.

Le Musée des navires et des cartes géographiques anciennes , organisé à l'intérieur du Palazzo Poggi , présente dix modèles très rares de divers bateaux, galions, navires de guerre construits du XVIe siècle au siècle. XVIII, dont Le Royal Louis, Le Bien Aim (1771) et Le Vainqueur. Une section du musée rassemble d'importantes planches gravées sur cuivre du XVIIe siècle publiées à Bologne, Paris, Marseille, Amsterdam et en Angleterre.

La Specola et le Musée d'Astronomie sont installés depuis 1979 dans trois salles du bâtiment de la Specola, Palazzo Poggi pour lequel le général Marsili s'était déjà tourné vers Eustachio Manfredi pour la construction en 1702.