Las colecciones sienas de instrumentos médicos antiguos (que se encuentran en el Museo de Instrumentos Médicos de la Universidad de Siena) dan testimonio de la gran actividad de la Universidad en la investigación y la enseñanza de las Ciencias, con especial atención al sector de la salud. Provienen en parte del milenario hospital de Santa Maria della Scala, sede de la Facultad de Medicina, y de instituciones universitarias.

La Universidad de Siena ha estado involucrada durante más de dos décadas, gracias a la actividad del entonces Centro para la Protección y Valorización del Patrimonio Científico Antiguo (CUTVAP), hoy el Centro SIMUS, en la recolección sistemática, salvaguarda, catalogación, toma fotográfica, restauración conservación y finalmente puesta en valor del patrimonio científico. Por ello, quiso dedicar a sus propias colecciones de instrumentos médicos históricos, así como a innumerables donaciones privadas, una oficina dividida en dos sitios: un lugar expositivo y representativo en la iglesia de Santa Maria Maddalena con una selección de las colecciones médicas más importantes. y un depósito organizado de herramientas, destinado a la actividad de estudio e investigación, con sede en el complejo científico de San Miniato.

El Museo del Instrumental Médico también promueve iniciativas de orientación, formación y actualización sobre el patrimonio cultural, en particular en el ámbito científico, en estrecha colaboración con el Instituto Central de Catalogación y Documentación. El Museo también realiza actividades de verificación científica de los cuerpos de archivo y se dedica, gracias a sus colecciones, a la formación y divulgación de las ciencias médicas, con especial atención a la población universitaria de Medicina y facultades de todos los niveles (Proyecto ESCAC).