Les collections siennoises d'instruments médicaux anciens (conservées au Musée des instruments médicaux de l'Université de Sienne) témoignent de la grande activité de l'Université dans la recherche et l'enseignement des sciences, en particulier dans le secteur de la santé. Ils proviennent en partie de l'hôpital millénaire de Santa Maria della Scala, siège de la Faculté de médecine, et d'institutions universitaires.

L'Université de Sienne est impliquée depuis plus de deux décennies, grâce à l'activité de l'ancien Centre pour la protection et la valorisation du patrimoine scientifique ancien (CUTVAP) aujourd'hui le Centre SIMUS, dans la collecte systématique, la sauvegarde, le catalogage, la prise de vue photographique, restauration conservation et enfin valorisation du patrimoine scientifique. Il a donc voulu dédier à ses propres collections d'instruments médicaux historiques, ainsi qu'aux innombrables donations privées, un bureau divisé en deux sites : un lieu d'exposition et de représentation dans l'église de Santa Maria Maddalena avec une sélection des plus importantes collections médicales et un dépôt organisé d'outils, destinés à l'activité d'étude et de recherche, basé dans le complexe scientifique de San Miniato.

Le Musée des instruments médicaux promeut également des initiatives d'orientation, de formation et de mise à jour sur le patrimoine culturel, en particulier dans le domaine scientifique, en étroite collaboration avec l'Institut central du catalogue et de la documentation. Le Muséum mène également des activités de vérification scientifique pour les organismes déposants et s'engage, grâce à ses collections, dans la formation et la diffusion des sciences médicales, en particulier auprès de la population universitaire de Médecine et des écoles de tous niveaux (Projet ESCAC).