Fondé en 1859, le Musée Collégial est l'un des plus anciens musées ecclésiastiques d'Italie. Il est situé dans l'ancien Palazzo della Propositura adjacent à la Collégiale de Sant'Andrea et conserve plusieurs chefs-d'œuvre datant du XIIIe au XVIIe siècle des églises du pluvier Empolese. Le chemin commence au rez-de-chaussée, où, outre quelques œuvres sculpturales de grande valeur, telles que l'élégante Vierge à l'Enfant de Mino da Fiesole, les fonts baptismaux attribués à Bernardo Rossellino et l'extraordinaire fresque détachée représentant le Christ en pitié sont exposé Masolino da Panicale. À Empoli, d'autres témoignages de l'œuvre de cet artiste célèbre se trouvent dans la chapelle de Sant'Elena de l'église voisine de Santo Stefano degli Agostiniani, qui fait partie de l'itinéraire du musée. Au rez-de-chaussée se trouve la galerie d'art où les peintures sont présentées dans l'ordre chronologique : des œuvres les plus anciennes, comme le polyptyque de l'artiste anonyme de Pistoian connu sous le nom de Maestro de 1310, à celles du XVe siècle, dont deux triptyques de Lorenzo Monaco et la petite Majesté de Filippo Lippi, jusqu'aux œuvres des Botticini, une famille de peintres active jusqu'aux premières décennies du XVIe siècle. Ils étaient responsables de la décoration picturale des deux tabernacles monumentaux de la Collégiale, le Tabernacle de San Sebastiano, réalisé par Francesco Botticini et Antonio Rossellino et le Tabernacle du Sacrement par Francesco et Raffaello Botticini. Sur les murs de la loggia donnant sur le cloître, la visite se termine par un répertoire de terre cuite vernissée des ateliers Della Robbia et Buglioni.