Das Collegiate Museum wurde 1859 gegründet und ist eines der ältesten kirchlichen Museen Italiens. Es befindet sich im alten Palazzo della Propositura neben der Stiftskirche Sant'Andrea und bewahrt mehrere Meisterwerke aus den Kirchen des empolesischen Regenpfeifers aus dem 13. bis 17. Jahrhundert auf. Der Weg beginnt im Erdgeschoss, wo sich neben einigen bildhauerischen Werken von großem Wert, wie der eleganten Madonna mit Kind von Mino da Fiesole, das Bernardo Rossellino zugeschriebene Taufbecken und das außergewöhnliche freistehende Fresko mit der Darstellung des bemitleidenden Christus befinden ausgestellt Masolino da Panicale. In Empoli sind weitere Zeugnisse der Arbeit dieses berühmten Künstlers in der Kapelle Sant'Elena der nahe gelegenen Kirche Santo Stefano degli Agostiniani zu finden, die Teil des Museumsrundgangs ist. Im Erdgeschoss befindet sich die Kunstgalerie, in der die Gemälde in chronologischer Reihenfolge präsentiert werden: von den ältesten Werken, wie dem Polyptychon des anonymen pistoianischen Künstlers bekannt als Maestro von 1310, bis zu den Werken aus dem 15. Jahrhundert, darunter zwei Triptychen von Lorenzo Monaco und die kleine Majestät von Filippo Lippi bis hin zu den Werken der Botticini, einer Malerfamilie, die bis in die frühen Jahrzehnte des 16. Jahrhunderts aktiv war. Sie waren verantwortlich für die Bilddekoration der beiden monumentalen Tabernakel der Stiftskirche, des Tabernakels von San Sebastiano von Francesco Botticini und Antonio Rossellino und des Tabernakels des Sakramentes von Francesco und Raffaello Botticini. An den Wänden der Loggia mit Blick auf den Kreuzgang endet der Besuch mit einem Repertoire an glasierter Terrakotta aus den Werkstätten Della Robbia und Buglioni.