Fondato nel 1859, il Museo della Collegiata è uno dei più antichi musei ecclesiastici d’Italia. Si trova nell’antico Palazzo della Propositura attiguo alla Collegiata di Sant’Andrea e conserva diversi capolavori databili tra il XIII e il XVII secolo provenienti dalle chiese del piviere empolese. Il percorso inizia al piano terra, dove, oltre ad alcune opere scultoree di grande pregio, come l’elegante Madonna col Bambino di Mino da Fiesole, sono esposti il Fonte battesimale attribuito a Bernardo Rossellino e lo straordinario affresco staccato raffigurante il Cristo in pietà di Masolino da Panicale. A Empoli, altre testimonianze dell’opera di questo celebre artista  si possono trovare nella Cappella di Sant’Elena della vicina Chiesa di Santo Stefano degli Agostiniani, parte del percorso museale. Al piano nobile è allestita la pinacoteca dove i dipinti sono presentati in ordine cronologico: dalle opere più antiche, come il polittico dell’anonimo artista pistoiese noto come Maestro del 1310, a quelle pienamente quattrocentesche, tra cui due trittici di Lorenzo Monaco e la piccola Maestà di Filippo Lippi, fino ad arrivare alle opere dei Botticini, famiglia di pittori attiva fino ai primi decenni del Cinquecento. A loro si deve la decorazione pittorica dei due monumentali tabernacoli provenienti dalla Collegiata, il Tabernacolo di San Sebastiano, realizzato da Francesco Botticini e Antonio Rossellino e il Tabernacolo del Sacramento di Francesco e Raffaello Botticini. Sulle pareti del loggiato che si affaccia sul chiostro la visita si conclude con un repertorio di terrecotte invetriate delle botteghe dei Della Robbia e del Buglioni.