Le musée est né d'un noyau initial laissé par Sigismondo Ala Ponzone (1761-1842), il s'agit d'une collection de très haut niveau étant lui-même naturaliste et préparateur. Au fil des années, d'autres collections ont été ajoutées, offertes par des naturalistes locaux.

Le parcours proposé est articulé en sections, commençant par la section historique, principalement constituée du noyau initial Ala Ponzone, se poursuivant par un passage à travers les différentes disciplines: minéralogie, paléontologie et zoologie, pour arriver à la lecture de notre territoire. L'environnement naturel et en particulier celui urbain permettent d'introduire un thème d'une grande actualité appliqué à la situation locale: une réflexion sur la conservation de la biodiversité. L'espace dédié à la pédagogie, interdisciplinaire et à disposition de toutes les sections du Système muséal, conduit quant à lui à une réflexion sur la manière dont l'homme utilise les ressources de son territoire en se connectant au thème de la relation fleuve/ville qui a caractérisé l'histoire de notre communauté.