À l'intérieur du musée, hébergé dans l'église désacralisée San Lorenzo, est conservé le cœur des découvertes archéologiques de Crémone.

Les plus de 500 artefacts présents dans le bâtiment sont exposés selon un parcours thématique articulé en trois sections: l'espace public, où se distinguent les vestiges monumentaux de l'église et certaines parties des bâtiments dédiés aux fonctions civiles, religieuses et de loisirs, l'espace privé, attesté par les riches domus du Labyrinthe de la rue Cadolini, du Nymphée de la place Marconi et de la rue Colletta, et les nécropoles, avec des parties de monuments et des parures funéraires. Les visiteurs du Musée Archéologique peuvent également vivre l'émotion d'accéder à une maison de l'époque romaine en utilisant un casque de réalité virtuelle Oculus qui permet de se déplacer à l'intérieur de la reconstitution virtuelle de certaines pièces de la domus du Nymphée : le péristyle, le garde-manger et une chambre à coucher raffinée. À l'intérieur du musée, une attention particulière est portée à l'accessibilité : il est équipé de matériels didactiques également pour les malvoyants et non-voyants et propose des documents faciles à lire et à comprendre pour accompagner la visite.