Metaponto, à partir de la fin du 7ème siècle avant JC, était le siège de l'une des colonies grecques les plus importantes du sud de l'Italie. Le Musée présente la reconstitution du cadre archéologique du territoire métapontin, de la Préhistoire à la fin de l'Antiquité et se divise en différentes sections qui illustrent : les formes initiales de peuplement par les Enotri-Choni au cours de l' âge du bronze moyen et du fer ; l'arrivée des Grecs d'Achaïe (région du Péloponnèse) au VIIe siècle av. la formation de la colonie avec l'occupation du territoire et le développement de la ville ; les transformations des centres italiques de l'arrière-pays entre le VIe et le IVe siècle av. la période de la conquête romaine et l'abandon progressif de Metaponto.