Metaponto war ab Ende des 7. Jahrhunderts v. Chr. Sitz einer der wichtigsten griechischen Kolonien in Süditalien. Das Museum präsentiert die Rekonstruktion des archäologischen Rahmens des metapontinischen Territoriums von der Vorgeschichte bis zur späten Antike und ist in verschiedene Abschnitte unterteilt, die Folgendes veranschaulichen: die ursprünglichen Bevölkerungsformen der Enotri-Choni während der mittleren Bronzezeit und des Eisens; die Ankunft der Griechen aus Achaia (Region Peloponnes) im 7. Jahrhundert v. die Gründung der Kolonie mit der Besetzung des Territoriums und der Entwicklung der Stadt; die Transformationen der italischen Zentren des Hinterlandes zwischen dem 6. und 4. Jahrhundert v. die Zeit der römischen Eroberung und die allmähliche Aufgabe von Metaponto.