Metaponto, desde finales del siglo VII a. C., fue la sede de una de las colonias griegas más importantes del sur de Italia. El Museo presenta la reconstrucción del marco arqueológico del territorio metapontino, desde la Prehistoria hasta la Antigüedad tardía y se divide en varias secciones que ilustran: las formas iniciales de población de los Enotri-Choni durante la Edad del Bronce Medio y la del Hierro; la llegada de los griegos de Acaya (región del Peloponeso) durante el siglo VII a. C.; la formación de la colonia con la ocupación del territorio y el desarrollo de la ciudad; las transformaciones de los centros itálicos del interior entre los siglos VI y IV a.C.; el período de la conquista romana y el abandono paulatino de Metaponto.