El Museo Botánico, establecido en 2007, es una estructura del Departamento de Ciencias de la Vida de la Universidad de Siena e incluye los dos museos/laboratorios universitarios históricos: el Jardín Botánico y el Herbario.

El Jardín Botánico de Siena se encuentra desde 1856 dentro de las antiguas murallas de la ciudad, en el valle (unas 2,5 hectáreas) que se abre entre Porta Tufi y Porta San Marco. Conserva más de 2.000 especies vegetales, desde las típicas mediterráneas del entorno toscano hasta las más originales de países exóticos. La estructura visible hoy, organizada al estilo de los jardines italianos del siglo XIX, es un lugar evocador, con numerosos testimonios que remontan su historia al siglo XVI. La gran parte restante del jardín que se abre hacia el valle, sin embargo, conserva la apariencia de una granja, intercalada con áreas rocosas y húmedas para la presentación de ambientes toscanos particulares.

El Herbario (Herbarium Universitatis Senensis) está ubicado en dos salas climatizadas del Departamento y constituye una valiosa fuente de información botánica e histórica, así como una herramienta indispensable de investigación y docencia para la Universidad. El Herbario consta de más de 90.000 plantas vasculares secas, líquenes, briófitas, hongos, algas y se divide en diferentes secciones: las Colecciones Históricas y las Colecciones.