Das 2007 gegründete Botanische Museum ist eine Struktur der Fakultät für Biowissenschaften der Universität Siena und umfasst die beiden historischen Universitätsmuseen / Laboratorien: den Botanischen Garten und das Herbarium.

Der Botanische Garten von Siena befindet sich seit 1856 innerhalb der alten Stadtmauern, in dem Tal (etwa 2,5 Hektar), das sich zwischen Porta Tufi und Porta San Marco öffnet. Es bewahrt über 2.000 Pflanzenarten, von den typischen mediterranen der toskanischen Umgebung bis zu den originellsten aus exotischen Ländern. Die heute sichtbare Struktur, die im Stil italienischer Gärten des 19. Jahrhunderts organisiert ist, ist ein eindrucksvoller Ort mit zahlreichen Zeugnissen, die seine Geschichte bis ins 16. Jahrhundert zurückverfolgen. Der verbleibende große Teil des Gartens, der sich zum Tal öffnet, behält jedoch das Aussehen eines Bauernhofs, der von felsigen und feuchten Bereichen durchsetzt ist, um die besondere toskanische Umgebung zu präsentieren.

Das Herbarium (Herbarium Universitatis Senensis) befindet sich in zwei klimatisierten Räumen des Instituts und ist eine wertvolle Quelle botanischer und historischer Informationen sowie ein unverzichtbares Forschungs- und Lehrmittel für die Universität. Das Herbarium besteht aus über 90.000 getrockneten Gefäßpflanzen, Flechten, Moosen, Pilzen, Algen und ist in verschiedene Bereiche unterteilt: die Historischen Sammlungen und die Sammlungen.