Im Jahr 1911 auf Initiative des Senators Domenico Ridola, der dem Staat seine bedeutenden archäologischen Sammlungen schenkte, präsentiert das Museum wichtige archäologische Funde aus der Region Matera. In den Ausstellungsräumen folgen die Fundstücke einer chronologischen und topografischen Ordnung. In der prähistorischen Abteilung konzentrieren sich die bedeutendsten Funde auf die befestigten Dörfer der neolithischen Ära, die ab dem 6. Jahrtausend v. Chr. die Einführung der Landwirtschaft und folglich die Entwicklung stabiler Siedlungen nach Modellen im östlichen Mittelmeerraum bezeugen. Für die jüngeren Phasen der Vorgeschichte und die Phase des 6. bis 4. Jahrhunderts v. Chr. liegt das größte Interesse auf Timmari, einem Ort in der Nähe von Matera. Von diesem Zentrum stammen unter anderem einige Grabbeigaben aus dem 4. Jahrhundert v. Chr., die durch Bronzepanzer und monumentale Vasen mit roten Figuren sowie zahlreiche qualitativ hochwertige Votivstatuetten gekennzeichnet sind, die in einem heiligen Bereich entdeckt wurden.