La celebre Annunciazione (1533 - 1535), uno dei capolavori assoluti del Maestro, viene realizzata per la Confraternita dei Mercanti di Recanati. La rappresentazione dell’avvenimento religioso dell’Annunciazione è molto frequente nella storia dell’arte ma in questo caso la connotazione che le attribuisce Lorenzo Lotto è sicuramente nuova e particolare, per non dire rivoluzionaria. Le motivazioni che rendono unica questa Annunciazione rispetto a tutte le altre sono essenzialmente due: l’atteggiamento singolare della Vergine, che anziché essere rivolta verso l’Angelo, come da tradizione, guarda spaventata lo spettatore cercando quasi conforto e consolazione, e la presenza di un gatto, al centro della scena, simbolo del male ma allo stesso tempo anche elemento ironico e ambiguo, che scappa impaurito di fronte all’arrivo dell’Angelo inviato da Dio Padre. Notevole la descrizione dei dettagli della stanza, di chiara ispirazione nordica. 

Il maestoso Polittico di San Domenico, concluso nel 1508, è stato commissionato dai Padri Domenicani e realizzato anche grazie al contributo economico del Comune di Recanati e della Confraternita di Santa Lucia. Il dipinto presenta un’architettura tradizionale dove l’artista inserisce figure monumentali e inquiete, immerse in una penombra percorsa da una luce che crea forti contrasti. La Pala d’altare nasconde un significato profondo e nasce come opera di protesta verso una grave ingiustizia compiuta nei confronti della città di Recanati, alla quale Giulio II toglie la giurisdizione sul Santuario di Loreto, edificato per ospitare la Santa Casa di Nazareth giunta nel territorio recanatese nel 1294. L’opera chiude il ciclo giovanile dell’attività del Lotto, ormai pittore maturo e consapevole dei propri mezzi.

Il San Giacomo Maggiore, del 1512 - 1513, è una preziosa miniatura dominata dall’imponente figura del Santo, dallo sguardo perso e melanconico. San Giacomo è un viandante triste e affaticato e richiama la figura dell’artista nel suo essere inquieto e pellegrino, tanto che diversi storici dell’arte hanno azzardato l’ipotesi che l’opera in realtà sia un autoritratto dello stesso artista. 

La Trasfigurazione, risalente al 1511 circa e commissionata all’artista dalla Confraternita dell’Antica Chiesa di Santa Maria in Castelnuovo, lascia trapelare influenze raffaellesche; paesaggio e figure vengono rappresentati con impeti patetici e moti espressivi molto profondi, gli apostoli si appiattiscono sul terreno, in totale assenza della prospettiva e delle sue regole, e si coprono il volto abbagliati dalla Trasfigurazione del Cristo, mettendo in evidenza tutta la distanza che li separa dal mondo ultraterreno di cui fanno parte Cristo e i Profeti Mosè ed Elia, che si trovano sopra di loro. L’opera è ricca di significati teologici e spirituali e Lotto sembra quasi non essere più lo stesso artista che ha realizzato il Polittico di San Domenico, appare evidente l’influenza di Raffaello che viene però tradotta in una nuova identità.