La Crypta Balbi est le plus récent des sites du Musée National Romain.

Inaugurée en 2001, la Crypta Balbi est située sur le site des fouilles archéologiques qui ont mis au jour le portique du théâtre de Lucius Balbus, qui donne son nom au complexe, ainsi que des artefacts liés à la vie de l'îlot, qui retracent l'histoire du paysage urbain de l'Antiquité au Moyen Âge.

L'exceptionnalité du musée Crypta Balbi, qui s'étend sur deux étages, réside dans le fait qu'il est construit sur le même site archéologique. Le musée, aménagé dans les espaces restaurés du complexe architectural construit à partir du Moyen Âge sur la Crypta Balbi, est divisé en deux sections qui illustrent respectivement les transformations d'un secteur central du paysage urbain de l'Antiquité au XXe siècle et l'évolution de la culture citadine entre le Ve et le IXe siècle.

Le rez-de-chaussée raconte l'archéologie et l'histoire du complexe de Balbus et de la proche Portique Minucia Frumentaria où le grain était distribué aux citoyens, offrant une vision diachronique de l'histoire urbaine de l'époque romaine au XXe siècle. Le premier étage est consacré aux fouilles archéologiques les plus récentes qui ont mis au jour un complexe de bâtiments résidentiels extérieurs à la Crypta Balbi, construits après qu'un incendie en l'an 80 après J.-C. eut ravagé la région. Ces bâtiments, maisons et boutiques, ont subi de nombreuses transformations jusqu'à leur abandon définitif au VIIe siècle après J.-C.

Le deuxième étage illustre les transformations de la ville du IVe au IXe siècle, en approfondissant les aspects de la culture matérielle et artistique. Ce récit a été rendu possible grâce à la grande quantité et variété des artefacts récupérés lors des fouilles, ainsi qu'aux matériaux provenant d'autres fouilles archéologiques menées à Rome et aux collections historiques des musées romains.

Dans les sous-sols, il est possible de visiter les vestiges archéologiques découverts dans les caves des palais de la Via delle Botteghe Oscure. Dans la zone archéologique extérieure, il est possible de visiter les vestiges de la buanderie du Couvent de Santa Caterina, de l'exèdre de la Crypta Balbi et du quartier qui se trouve derrière.