La Crypte Balbi est le plus récent des sites du Musée national romain.

Inaugurée en 2001, Crypta Balbi se dresse sur la zone des fouilles archéologiques qui ont mis au jour le portique du théâtre de Lucio Balbo, qui donne son nom au complexe, ainsi que les découvertes liées à la vie du bloc, qui retracent l'histoire de la ville paysagère de l'Antiquité au Moyen Âge.

Le caractère exceptionnel du musée Crypta Balbi , qui s'étend sur deux étages, est donné par le fait qu'il se dresse sur le même site archéologique. Le musée, installé dans les salles restaurées du complexe immobilier construit à partir du Moyen Âge sur la Crypte de Balbo, est divisé en deux sections qui illustrent respectivement les transformations d'un secteur central du paysage urbain de l'Antiquité au XXe siècle et l'évolution de la culture de la ville entre le Ve et le IXe siècle.

Au rez-de-chaussée, l'archéologie et l'histoire du complexe Balbo et du Porticus Minucia Frumentaria voisin où le blé était distribué aux citoyens est racontée, avec une vision diachronique de l'histoire urbaine de l'époque romaine au XXe siècle. Le premier étage est dédié aux fouilles archéologiques les plus récentes qui ont mis au jour un complexe de bâtiments résidentiels à l'extérieur de la Crypte Balbi , construit après qu'un incendie en 80 après JC eut dévasté la région. Les bâtiments, maisons et commerces, ont subi de nombreuses transformations jusqu'à leur abandon définitif au 7ème siècle après JC

Le deuxième étage illustre les transformations de la ville du IVe au IXe siècle, avec un aperçu des aspects de la culture matérielle et artistique. Cette histoire a été possible grâce à la grande quantité et à la variété des découvertes récupérées lors des fouilles, ainsi qu'aux matériaux d'autres recherches archéologiques menées à Rome et des collections historiques des musées romains.

Au sous-sol, il est possible de visiter les vestiges archéologiques trouvés dans les caves des bâtiments de la via delle Botteghe Oscure. Dans la zone archéologique extérieure, il est possible de visiter les vestiges du lavoir du couvent de Santa Caterina, de l'exèdre de la Crypta Balbi et du quartier qui se dresse derrière.