La naissance du Musée Pino Pascali remonte à 1998 suite à un important legs d'œuvres et de souvenirs ayant appartenu à l'artiste de la part de sa famille. En 2010, le Musée se transforme en Fondazione Pino Pascali, co-partagée par la Région des Pouilles et la Commune de Polignano a Mare, avec un statut et un règlement interne. Le siège actuel est un ancien Abattoir communal restauré, surplombant la mer, la maison sur la mer que Pascali désirait tant.

L'activité de la Fondazione prend son essor à partir de la figure de Pino Pascali, l'un des plus importants représentants de l'Art italien et international des années soixante, décédé à seulement 33 ans à Rome, point de référence essentiel pour le développement de l'activité d'exposition du musée.

La Fondazione est structurée de manière à travailler par conteneurs afin d'offrir une vision de l'art aussi éclectique et en ligne avec les principales recherches linguistiques d'avant-garde du moment.

En plus d'un nombre important d'œuvres de Pino Pascali, la Fondazione expose les œuvres des artistes les plus significatifs des Pouilles et des artistes lauréats du Prix Pino Pascali. La collection permanente et les expositions temporaires offrent au public une offre culturelle en ligne avec les normes muséales les plus appréciées au monde, au point de se voir décerner, en 2013, le Premier Prix en tant que Meilleure Fondation d'Art Contemporain d'Italie.