Le Musée Civique d'Histoire Naturelle de Milan est le plus ancien Musée Civique Milanais et est aujourd'hui le centre des activités du Jardin des Sciences qui comprend deux laboratoires didactiques, Paleolab et Biolab, et le Planétarium Ulrico Hoepli. Elle a été fondée le 7 mai 1838 grâce aux dons des collections du noble milanais Giuseppe De Cristoforis et du botaniste Giorgio Jan. Les collections comprennent des échantillons de minéralogie, de paléontologie, de zoologie, de botanique, ainsi que des outils et des livres. L'ouverture au public remonte à septembre 1844 dans l'ancien couvent de Santa Marta à l'occasion du VI Congrès des savants italiens qui, cette année-là, réalisa les travaux à Milan. À partir de la seconde moitié du XXe siècle, les collections du musée s'enrichissent grâce à des campagnes de recherche et d'acquisition. L'un des projets les plus importants a certainement été celui du directeur Cesare Conci, qui a permis l'agrandissement du musée avec de nouvelles sections paléontologiques et botaniques. Depuis 2010, le Musée Civique d'Histoire Naturelle est intégré au Polo dei Musei Scientifici avec le Planétarium et l'Aquarium.