Lieu de profonde sacralité, la crypte a été choisie par saint Charles Borromée comme lieu personnel de prière, où il se rendait chaque mercredi et vendredi après-midi. Il n'était pas rare de le voir passer des nuits entières dans ce qu'il appelait lui-même le gymnase de l'Esprit Saint, en adoration du simulacre du tombeau du Christ. Pour cette raison, après sa canonisation, une statue en terre cuite polychrome représentant le saint agenouillé devant le sarcophage a été placée. La crypte permet également aux visiteurs d'entrer en contact avec l'un des témoignages les plus anciens de l'histoire de la ville. Le revêtement de sol, constitué de grandes dalles de pierre blanche 'de Vérone', provient en effet du pavement de l'ancien forum romain du IVe siècle, la place principale de la civitas romaine, où se déroulaient les principales activités civiles et religieuses.

Rouverte au public après cinquante ans en 2016, la crypte a ensuite fait l'objet d'une intervention complexe de restauration financée par le MIBAC et achevée au début du printemps 2019, principalement axée sur la récupération des surfaces décorées.