Ort von tiefer Sakralität, wurde die Krypta von San Carlo Borromeo als persönlicher Gebetsort gewählt, wo er jeden Mittwoch und Freitag nachmittags hinging. Es war nicht ungewöhnlich, ihn ganze Nächte in dem, was er selbst als Turnhalle des Heiligen Geistes bezeichnete, in Anbetung des Simulacrums des Grabes Christi zu verbringen. Aus diesem Grund wurde nach seiner Heiligsprechung eine polychrome Terrakotta-Statue aufgestellt, die den Heiligen kniend vor dem Sarkophag darstellt. Die Krypta ermöglicht es den Besuchern auch, in Kontakt mit einem der ältesten Zeugnisse der Stadtgeschichte zu treten. Der Bodenbelag, bestehend aus großen Platten aus weißem 'Veroneser' Stein, stammt tatsächlich aus dem Pflaster des antiken römischen Forums aus dem 4. Jahrhundert, dem Hauptplatz der römischen Civitas, wo die wichtigsten zivilen und religiösen Aktivitäten stattfanden.

Nach fünfzig Jahren wurde die Krypta 2016 wieder für die Öffentlichkeit zugänglich gemacht und anschließend einem umfassenden Restaurierungsprojekt unterzogen, das vom MIBAC finanziert wurde und im späten Frühling 2019 abgeschlossen wurde, hauptsächlich zur Wiederherstellung der dekorierten Oberflächen.