Los espacios del antiguo cuartel Habsburgo San Tomaso están dedicados al Museo Arqueológico Nacional de Verona, donde se conservan riquísimos testimonios procedentes de las investigaciones arqueológicas realizadas en la ciudad de Verona y en la zona de Verona, divididos en un período temporal que va de la prehistoria a la protohistoria, a la fase celta, a la romanización, hasta la época romano-imperial.

La sede, tribunal y prisión militar, fue construida por la administración austriaca cuando los acontecimientos políticos que siguieron a los levantamientos carbonarios hicieron necesario detener a un número cada vez mayor de personas. El conjunto, contiguo a la iglesia de S. Tomaso Cantuariense, se divide en tres edificios, organizados en torno al patio interior, y consta de tres plantas y buhardilla. El edificio representa uno de los ejemplos mejor conservados de arquitectura civil austriaca en la ciudad.

El itinerario expositivo de la sección Prehistoria y Protohistoria narra los principales momentos históricos de la zona veronesa, entre hace 200.000 años y el 100 a.C.

En general, el itinerario expositivo se divide en una serie de subapartados dedicados a las principales épocas de la prehistoria-protohistoria de la zona de Verona, desde el Paleolítico (representado por la famosa piedra pintada, conocida como el "Chamán", procedente de la cueva de Fumane ), pasando por el Neolítico y la Edad del Cobre, hasta la Edad del Bronce, con la exposición de materiales procedentes de los palafitos declarados Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO en la zona de Verona, y la Edad del Hierro.

El objetivo es hacer percibir el papel formativo de este territorio en relación con el centro urbano de Verona, cuyo nacimiento es fruto de un largo recorrido histórico.

La exposición se desarrolla de forma unilineal y sin interferencias, partiendo de la sala de orientación (accesible desde la escalera y el ascensor) pasando por las diferentes salas de los dos brazos de la tercera planta (del Paleolítico a la Edad del Bronce) hasta fundirse en el tercer brazo (dedicado a la Edad del Hierro). La sección dedicada a la época romana, que ocupará la segunda planta del museo, está a punto de finalizar.