Les espaces de l'ancienne caserne Habsbourg San Tomaso sont dédiés au Musée Archéologique National de Vérone, où sont conservés les très riches témoignages issus des recherches archéologiques menées dans la ville de Vérone et dans la région de Vérone, divisés en une période temporelle qui va de la préhistoire à la protohistoire, à la phase celtique, à la romanisation, jusqu'à l'époque romaine-impériale.

Le quartier général, tribunal et prison militaire, a été construit par l'administration autrichienne, lorsque les événements politiques consécutifs aux soulèvements des Carbonari ont rendu nécessaire la détention d'un nombre toujours croissant de personnes. Le complexe, adjacent à l'église de S. Tomaso Cantuariense, est divisé en trois bâtiments, organisés autour de la cour intérieure, et se compose de trois étages et d'un grenier. Le bâtiment représente l'un des exemples les mieux conservés de l'architecture civile autrichienne de la ville.

Le parcours d'exposition de la section Préhistoire et Protohistoire raconte les principaux moments historiques de la région véronaise, entre 200 000 ans et 100 avant JC.

De manière générale, le parcours de l'exposition est divisé en une série de sous-sections consacrées aux principales époques de la préhistoire-protohistoire de la région de Vérone, depuis le Paléolithique (représenté par la célèbre pierre peinte, connue sous le nom de "Chaman", provenant de la Grotte de Fumane. ), en passant par le Néolithique et l'âge du cuivre, jusqu'à l'âge du bronze, avec l'exposition de matériaux provenant des sites palafittiques de l'UNESCO de la région de Vérone, et l'âge du fer.

L'objectif est de faire percevoir le rôle formateur de ce territoire par rapport au centre urbain de Vérone, dont la naissance est le résultat d'un long parcours historique.

L'exposition se développe de manière unilinéaire et sans interférence, partant de la salle d'orientation (accessible depuis l'escalier et l'ascenseur) en passant par les différentes salles des deux bras du troisième étage (du Paléolithique à l'Âge du Bronze) jusqu'à se fondre dans le troisième bras (dédié à l'âge du fer). La section consacrée à l'époque romaine, qui occupera le deuxième étage du musée, est en voie d'achèvement.