La historia del Palazzo dei Musei comienza cuando los franciscanos se instalaron allí en 1256, transformándolo en un convento. En 1798, debido a la supresión napoleónica, el cuartel general fue abandonado y utilizado como cuartel y establos. Después de la Restauración, el palacio acogió el Real Internado Jurídico y la Real Escuela Superior de Química y Física. Precisamente la presencia de instituciones de enseñanza científica llevó a la decisión, en 1830, de crear la colección privada de Lazzaro Spallanzani, luego, en 1862, se crearon los núcleos de colección de Gaetano Chierici, las colecciones de zoología naturalista de Antonio Vallisneri y las colecciones de Etnografía. reorganizado en 1999. El Portico dei Marmi, fundado en 1875 y restaurado en 1991, alberga hallazgos de piedra y epígrafes desde la época romana hasta el siglo XVIII. Los mármoles arquitectónicos romanos también se exhiben al aire libre en el claustro adyacente. El Atrio del Museo conserva mosaicos que datan de la época romana y de los siglos XII y XIII. La sala dedicada a Roman Reggio (1996-1998) es una ampliación ideal de la Colección Chierici e incluye hallazgos arqueológicos desde la fundación romana de la ciudad hasta la antigüedad tardía. En el ámbito naturalista, destacan las colecciones dedicadas a la Geología (1989), la Fauna de la zona de Reggio Emilia (1992) y la exposición de los restos de la ballena Valentina (2001), un cetáceo fósil de 3,5 millones de años encontrado en el río Secchia. valle, fueron agregados.

En 2021 se inauguró la nueva distribución del segundo piso, que ofrece una narrativa desde la prehistoria de la zona de Reggio Emilia hasta la Alta Edad Media. El apartado histórico-artístico continúa desde los siglos de la familia Este hasta el Primer Tricolor hasta el siglo XIX y el mundo contemporáneo, representado por el patrimonio fotográfico recogido o encargado dentro del proyecto Fotografía Europea. Una sección permanente, con exposiciones rotativas, está dedicada a la producción de Luigi Ghirri.