Los Museos de la Catedral , ubicados dentro del área protegida del Sitio de Módena de la Unesco y divididos en dos colecciones, completan la visita a la Catedral permitiendo comprender plenamente su historia y acontecimientos.El núcleo original del Museo Lapidario lo compone de los hallazgos escultóricos desenterrados durante la restauración de la catedral a finales del siglo XIX. La colección incluye esculturas y relieves de la época romana, utilizados principalmente como material reutilizado para la construcción de la Catedral, fragmentos relacionados con catedrales medievales tempranas anteriores, hallazgos de la época románica -incluida la famosa serie de metopas- antigua, medieval y inscripciones modernas. El Museo del Duomo exhibe un precioso aparato artístico-litúrgico que data desde la época románica hasta el siglo XIX, que incluye muebles, esculturas, relicarios antiguos, tapices, pinturas y códices. Entre las obras más antiguas, que forman parte del Tesoro de la Catedral, se encuentran el precioso retablo de San Geminiano (siglos XI-XII), el Evangelistario realizado en el scriptorium de Nonantola (finales del siglo XI - principios del XII) y caracterizado por una refinada encuadernación en plata. y en marfil, la Relatio, texto del siglo XII que relata la crónica de la construcción de la catedral y la Estauroteca con encuadernación en oro del siglo IX, probablemente procedente de Constantinopla.