El Museo de Paleontología de Catiglia alberga un núcleo de hallazgos formado por fondos de intervenciones paleontológicas en los yacimientos de la Cuenca de Las Hoyas (Cretácico Inferior de La Cierva) y Lo Hueco (Cretácico Superior de Fuentes), aunque el resto de yacimientos paleontológicos propiedad de Castilla- Ayuntamiento de La Mancha.

Actualmente la colección consiste en restos de depósitos que cuentan unos buenos 550 millones de años de la historia de la tierra. Se presta especial atención a los registros paleozoicos de Toledo y Ciudad Real, registros mesozoicos de Guadalajara y Cuenca y documentos cenozoicos de toda la región.

La colección definida como Las Hoyas incluye más de 20.000 ejemplares que representan unos 130 géneros de organismos de hace 125 millones de años, mientras que la de Lo Hueco está formada por más de 12.000 ejemplares de organismos de hace unos 75 millones de años, incluidos los esqueletos parciales encontrados. de algunos grandes dinosaurios. El museo, por su parte, alberga un importante núcleo de fósiles de plantas y animales que constituyen la referencia de sus especies (holotipos) del Triásico, Cretácico Inferior y Cretácico Superior. La colección también conserva los holotipos de signos de actividad (icnofósiles) de varios organismos del Cretácico. En los últimos años la colección ha crecido y ampliado su diversidad debido al depósito de restos de las actividades desarrolladas en la Comunidad en los últimos años en los yacimientos de El Atance, Algora y Poyos (Triásico y Cretácico Superior de Guadalajara) y Buenache, Uña, Vadillos o Beteta (Cretácico Inferior de Cuenca).