El primer núcleo de la Colección de Antropología se remonta a 1908, cuando se estableció la cátedra de Antropología de la Real Universidad de Bolonia , encomendada a Fabio Frassetto. Instalado inicialmente en dos salas del Palacio Poggi en via Zamboni 33, donde también se encontraba el Instituto de Antropología, se trasladó en 1933, junto con el Instituto, a via F. Selmi 1 en espacios más grandes donde los hallazgos y las colecciones encontraron un mejor alojamiento. adquirido a lo largo de los años.

Entre 1933 y 1936 los Institutos y Colecciones de Zoología y Anatomía Comparada también encontrarán alojamiento en la sede actual en Via F. Selmi 3. A partir de 1947, cuando cesa la dirección de Fabio Frassetto, asume Elsa Graffi Benassi y de 1971 a 2005 Fiorenzo Facchini. En 1991, con motivo de la apertura al público, se crearon nuevas áreas de exposición y un nuevo diseño.

La Colección de Antropología exhibe cráneos y esqueletos de antiguas poblaciones italianas, desde el Neolítico hasta el siglo. XVIII, moldes de restos óseos de primates y homínidos gracias a los cuales se han estudiado las etapas fundamentales del proceso evolutivo del Hombre.

También puede admirar hallazgos tanto en Italia como en otros países europeos, que ilustran el desarrollo de culturas prehistóricas desde el Paleolítico inferior hasta el Neolítico. Recientemente adquirida es una "yurta" completa con muebles, el hogar de las poblaciones nómadas de Kazajstán.