Das Palazzo Glass Museum wurde 1861 auf Initiative von Antonio Colleoni, dem damaligen Bürgermeister von Murano, und dem Abt Vincenzo Zanetti gegründet.

Das Gebäude, in dem sich heute das Museum befindet, wurde als Patrizierhaus in den typischen Formen der blumigen Gotik erbaut, wovon Spuren in der Kapitellsäule des Atriums und in den Fenstern der Hoffassade erhalten sind.

1689 verlegte der Bischof von Torcello , Marco Giustinian, seinen Sitz hierher und kaufte das Gebäude, um es der Diözese zu schenken. Anschließend wurde es nach einem Projekt des Architekten Antonio Gaspari grundlegend renoviert.

Aus diesen Jahren ist im ersten Adelsgeschoss die Decke der zentralen Halle erhalten geblieben, mit Fresken von Francesco Zugno (1709-1787) und Quadraturen (architektonische Motive) von Francesco Zanchi (1734-1772), die den Triumph von San Lorenzo Giustiniani darstellen , Stammvater der Familie und erster Patriarch von Venedig.

Das Gebäude blieb Sitz der Diözese Torcello , bis es 1805 aufgelöst wurde. Dann ging es an das Patriarchat von Venedig über, das es 1840 an die Gemeinde Murano verkaufte, deren Sitz es wurde. 1861 fand hier in der zentralen Halle die erste Keimzelle des Museumsarchivs der Insel Platz, die dann nach und nach auf das gesamte Gebäude ausgedehnt wurde. 1923 wurde Murano Teil der Stadt Venedig, die daher auch den Palast und das Museum erwarb.

Das Glasmuseum wurde mit der Idee geboren, ein Archiv mit Zeugnissen über die Geschichte und das Leben der Insel einzurichten , die seit dem Untergang der Republik Venedig (1797) eine lange Krisenzeit erlebt hat, aus der es hervorgegangen ist beginnt sich zu erholen. Das Museum übernahm bald das Archiv, dank zahlreicher Schenkungen von altem und zeitgenössischem Glas aus den Muranoöfen, die in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts wieder intensiv zu arbeiten begannen.

Zur Unterstützung ihrer Tätigkeit fügte Abt Zanetti 1862 dem Museum auch eine Schule hinzu, in der Glasmacher das Zeichnen und das dort aufbewahrte Glas der Vergangenheit studierten.

Nach der Eingliederung von Murano in die Stadt Venedig im Jahr 1923 wurde das Museum Teil des Erbes der Stadt, die Sammlungen wurden 1932 von Giulio Lorenzetti und Nino Barbantini neu geordnet und mit Glas aus anderen venezianischen Stadtsammlungen bereichert. Das Museum erwirbt so kostbare Renaissance-Stücke und später dank Hinterlegungen der Archäologischen Superintendenz auch einen wichtigen Nukleus antiker Gläser aus Ausgrabungen. Käufe und Spenden werden im Laufe der Zeit fortgesetzt, um die Sammlungen, einschließlich zeitgenössischer Werke, zu erweitern.