Le Musée Anatomique de l'Université de Sienne, tel que nous le voyons aujourd'hui, a été créé après le transfert de l'Institut d'Anatomie Humaine Normale de l'ancien siège des Instituts Biologiques de via Laterina à l'actuel, dans le Pôle Scientifique de San Miniato. Ce site a été inauguré en 2001, après quelques interventions de restructuration, récupération des préparations, des maquettes didactiques, des tables anatomiques et d'une partie du mobilier ancien.

Le Musée anatomique de Sienne porte le nom du professeur Leonetto Comparini qui a été directeur de l'Institut d'anatomie humaine normale de 1966 à 1997. Il offre un parcours idéal à l'intérieur d'un Institut d'anatomie humaine du XIXe siècle, à l'époque où existaient des personnalités professionnelles aujourd'hui disparues, comme le "secteur" (expert dans l'art de tailler) et le "préparateur", expert dans la conservation d'organes qu'il transformait en outils didactiques selon les demandes du professeur d'Anatomie.

Les collections sont réparties dans trois salles et un couloir.