Le Musée d'Histoire Naturelle a été fondé à la fin du XIXe siècle par Giacomo Doria, passionné d'histoire naturelle, qui a exposé ses collections aux côtés de celles de Lorenzo Pareto et du prince Oddone de Savoie.

Par la suite, ce noyau a été enrichi par des acquisitions provenant des expéditions financées par Doria et par des legs et des donations. La quantité de matériel collecté a rendu nécessaire le transfert du siège du musée dans un bâtiment spécialement conçu et construit au début du XXe siècle.

Aujourd'hui, le musée est le plus ancien de la ville et certainement l'un des plus importants dans le domaine urbain. Les collections sont exposées dans des vitrines équipées d'informations sur leur contenu : il s'agit d'un total d'environ 4 millions et demi d'objets et de spécimens.

L'exposition est divisée en 23 salles. Le parcours commence par l'espace dédié à la Paléontologie pour se poursuivre avec les salles exposant des collections de grande valeur scientifique, principalement zoologiques. Il y a aussi des sections présentant des échantillons botaniques et des collections de fossiles, de roches et de minéraux. Parmi les collections les plus remarquables, on peut citer celles des Mammifères, des Oiseaux et des Insectes.