Le Musée d'Histoire Naturelle est situé dans le centre historique de Ferrara. Le premier noyau muséal est né au XVIIIe siècle, grâce à une donation de minéraux faite par le chanoine Antonio Marescotti au musée civique déjà existant. En 1850, une donation faite par Elia Rossi vient enrichir la collection de spécimens zoologiques d'Afrique. En 1862, l'Université de Ferrare, alors propriété de la municipalité, établit qu'il était nécessaire de créer un musée pour soutenir les enseignements de la nouvelle chaire d'histoire naturelle. L'inauguration officielle eut lieu en 1872, dans les locaux de l'ancien couvent des Martyrs via Roversella. La direction a été confiée à Galdino Gardini, qui a assidûment entretenu les relations avec les différents donateurs et bienfaiteurs (Elia Rossi, Angelo Castelbolognesi, Enea Cavalieri, Angelo Fiorini, Angelo Conti) : le Musée a énormément augmenté son patrimoine atteignant plus de 74 000 spécimens de zoologie , minéralogie, géologie, paléontologie et ethnographie. La retraite de Gardini en 1892 marqua une première phase de stagnation pour les activités du musée, qui fut fermé pour inventaire et ne rouvrit qu'en 1937, après que les collections, déjà partiellement démembrées, eurent été transférées dans le nouveau bâtiment spécialement conçu et construit par l'ingénieur Carlo Savonuzzi en collaboration avec son frère Girolamo entre 1935 et 1937 sur les vestiges médiévaux de l'ancien hôpital de la ville. Cependant, le musée n'a retrouvé sa vitalité qu'après la Seconde Guerre mondiale, lorsque la direction a été confiée à Mario Francesco Canella, qui a géré son sort entre 1952 et 1978. En 1982, la direction a été reprise par Fausto Pesarini, naturaliste et biologiste, qui l'a a favorisé un profond renouveau structurel et fonctionnel. Depuis 2012, il est dirigé par Stefano Mazzotti, ancien conservateur de zoologie au même musée depuis 1990.