El Museo de Historia Natural se encuentra en el centro histórico de Ferrara. El primer núcleo museístico nació en el siglo XVIII, gracias a una donación de minerales realizada por el canónigo Antonio Marescotti al ya existente museo cívico. En 1850, una donación de Elia Rossi enriqueció la colección de especímenes zoológicos de África. En 1862, la Universidad de Ferrara, entonces propiedad del municipio, estableció que era necesario crear un museo para apoyar las enseñanzas de la nueva cátedra de Historia Natural. La inauguración oficial tuvo lugar en 1872, en las instalaciones del antiguo convento de los Mártires en via Roversella. La dirección fue encomendada a Galdino Gardini, que cuidó asiduamente las relaciones con los distintos donantes y benefactores (Elia Rossi, Angelo Castelbolognesi, Enea Cavalieri, Angelo Fiorini, Angelo Conti): el Museo aumentó enormemente su patrimonio llegando a más de 74.000 ejemplares de zoología , mineralogía, geología, paleontología y etnografía. La jubilación de Gardini en 1892 marcó una primera fase de estancamiento de las actividades del museo, que fue cerrado por inventario y reabierto recién en 1937, después de que las colecciones, ya parcialmente desmembradas, fueran trasladadas al nuevo edificio específicamente diseñado y construido por el ingeniero Carlo. Savonuzzi en colaboración con su hermano Girolamo entre 1935 y 1937 sobre los restos medievales del antiguo hospital de la ciudad. Sin embargo, el museo recuperó su vitalidad recién después de la Segunda Guerra Mundial, cuando la dirección pasó a manos de Mario Francesco Canella, quien manejó su destino entre 1952 y 1978. En 1982 la dirección pasó a manos de Fausto Pesarini, naturalista y biólogo, quien promovió una profunda renovación estructural y funcional. Desde 2012 lo dirige Stefano Mazzotti, ex curador de zoología del mismo museo desde 1990.