Le Musée Basque de Bilbao est né avec le nom original de Musée Archéologique et Ethnographique Basque de Biscaye.

Il a ouvert ses portes en 1921, occupant le rez-de-chaussée du cloître baroque de l'ancien Colegio de San Andrés. En peu de temps, le musée occupa les bâtiments annexes et augmenta ses collections, comprenant également des pièces d'archéologie de Biscaye et d'ethno-histoire du Pays basque.

La collection du musée est née entre 1917 et 1921 avec l'objectif principal de mettre enfin le musée en activité.

Cette période comprenait des pièces principalement de nature architecturale et sculpturale telles que des boucliers, des architraves, des tympans, des chapiteaux, des sculptures, des retables, des cibori, des laudas, des sarcophages, des outils de pêche, des outils agricoles, des outils pastoraux, des outils pour cordonniers, des outils textiles, des armes, des jeux et équipements sportifs, argizaiolak et linceuls.

A ce jour, les collections permanentes à l'intérieur du musée sont réparties sur plusieurs étages : à partir du rez-de-chaussée, voici les salles des dettes funéraires, de l'héraldique et un espace réservé aux expositions temporaires et une boutique. A l'entrée se trouve une sculpture de Nestor Basterretxea, prêtée par le Musée des Beaux-Arts de Bilbao.

Au centre du cloître était placée la sculpture Mikeldi de Durango. Salenndo au premier étage est une reproduction de la croix de Kurutziaga et les expositions d'armes, les Basques et la mer, la culture pastorale et les arts domestiques de la céramique et des tissus (en particulier le lin et la laine). Au deuxième étage se trouvent les salles de préhistoire et d'archéologie de la Biscaye. Au troisième et avant-dernier étage se trouvent les salles du Consulat de Bilbao, avec des meubles et autres reliques, dont des bancs en bois recouverts de velours rouge.

Une maquette colossale de la province est également exposée sur ce plan.