Le Musée du Trésor de la Basilique de San Francesco à Assise est situé dans l'église historique du centre-ville. La collection est appelée "Trésor" car elle comprend des peintures, des objets textiles et des orfèvres de grande valeur et liés à l'histoire de la Basilique. Aujourd'hui, la collection est conservée dans la salle gothique du Sacro Convento et est principalement composée d'orfèvres sacrés européens et orientaux. Le patrimoine est riche de reliquaires, de croix, de deux dossaux arabes en soie rouge et jaune, du frontal de Sixte IV, de huit tapisseries flamandes, de majoliques vernissées médiévales, de tableaux historiés et de quatre synopies de maîtres romains et siennois. Le Musée s'est enrichi en 1986 de 57 tableaux et d'un bas-relief en marbre. Important est le don de Frederick Mason Perkins, historien de l'art, qui au cours de sa vie a recueilli des peintures de l'école vénitienne et toscane des XIVe et XVe siècles. D'un grand intérêt est le missel parisien enluminé avec l'évangélaire et les lettres de saint Louis IX.