Le Musée Diocésain et la Crypte de San Rufino sont situés dans le centre historique d'Assise. Le Musée a été inauguré en 1941 dans le sous-sol de la cathédrale et du Palazzo dei Canonici. L'objectif du musée est de conserver et de mettre en valeur les œuvres les plus importantes de la cathédrale et de certains oratoires voisins. La collection du musée se compose d'environ 300 œuvres exposées en neuf sections. D'un grand intérêt est certainement le Corridor où sont exposées les découvertes archéologiques trouvées dans la région. La collection archéologique est principalement composée de chapiteaux sculptés et du sarcophage du IIe siècle après JC avec le rite de la libation. Les autres salles présentent des peintures des XIVe et XVe siècles et des bannières du XVIIe siècle avec des représentations de San Francesco et Santa Caterina. Parmi les œuvres les plus célèbres, il y a le "Martyre de Sainte Catherine d'Alexandrie" d'Orazio Riminaldi, un peintre bien connu de la Confrérie. La collection s'est enrichie d'une importante donation de Frederick Mason Perkins, historien de l'art, qui vécut quelque temps à Assise. La crypte de San Rufino est un joyau de l'architecture romane qui conserve encore les décorations d'origine. En particulier, on retrouve les quatre symboles des évangélistes : l'ange de San Matteo, le lion de San Marco, l'aigle de San Giovanni et le taureau de San Luca.