El Museo Arqueológico Nacional de la Laguna de Venecia se encuentra en la isla de Lazzaretto Vecchio, un lugar de extraordinario valor histórico, ubicado en la laguna central de Venecia, muy cerca del Lido, frente a la cuenca de San Marcos. Conserva un patrimonio monumental de gran interés y es un lugar particularmente fascinante.

En 1423 fue elegida por el Senado de la Serenísima para establecer -el primer lazareto del mundo- un hospital destinado al cuidado y aislamiento de los enfermos de peste. La isla fue ampliada en varias ocasiones, incluso mediante rellenos de los bajíos circundantes; en estas áreas, excavaciones recientes han mostrado la presencia de fosas comunes con miles de entierros.

Alrededor de mediados del siglo XIX fue destinada a almacén militar y algunos edificios fueron derribados; finalizada su función militar en 1965, durante treinta años fue utilizada como perrera municipal. En años recientes, la isla ha experimentado importantes intervenciones por parte del Ministerio de Obras Públicas y del Ministerio de Bienes Culturales: en 2008 se completó una parte considerable de trabajos estructurales con el proyecto de convertirla en sede del "Museo Arqueológico Nacional de la Laguna de Venecia", donde se reconstruye la evolución y transformaciones de la ciudad de Venecia desde la antigüedad hasta hoy, presentando de manera unitaria los considerables materiales recuperados de miles de investigaciones arqueológicas.