Il Museo Archeologico Nazionale della Laguna di Venezia si trova sull'isola del Lazzaretto Vecchio, luogo di straordinario valore storico, posta nella laguna centrale di Venezia, vicinissima al Lido, di fronte al bacino di San Marco. Conserva un patrimonio monumentale di grande interesse ed è un luogo particolarmente affascinante.

Nel 1423 fu scelta dal Senato della Serenissima per istituire – primo lazzaretto del mondo – un "ospitale" destinato alla cura e all’isolamento dei malati di peste. L'isola fu ingrandita a più riprese, anche mediante imbonimenti dei bassi fondali circostanti; in queste aree, recenti scavi hanno mostrato la presenza di fosse comuni con migliaia di sepolture.

Intorno alla metà del 1800 fu destinata a magazzino militare e alcuni edifici furono abbattuti; terminata la funzione militare nel 1965, per trent’anni è stata adibita a canile municipale. In anni recenti l'isola ha conosciuto importanti interventi da parte del Ministero ai Lavori Pubblici e del Ministero Beni Culturali: nel 2008 è stata completata una parte considerevole di lavori strutturali con il progetto di farne sede del "Museo Archeologico Nazionale della Laguna di Venezia", dove ricostruire l'evoluzione e le trasformazioni della città di Venezia dall'antichità ad oggi, presentando in modo unitario i considerevoli materiali recuperati da migliaia di ricerche archeologiche.