El Museo Archeologico Nazionale di Napoli - MANN es uno de los más antiguos e importantes del mundo por la riqueza y singularidad de su patrimonio arqueológico. El origen y la formación de sus colecciones están vinculados a la figura de Carlos III de Borbón, quien, al ascender al trono del Reino de Nápoles en 1734, promovió la exploración de las ciudades vesubianas sepultadas por la erupción del 79 d.C. y el proyecto de un Museo Farnesiano, con la transferencia a la ciudad de parte de la rica colección heredada de su madre Isabel.

Es gracias a su hijo Fernando IV que se decidió reunir en el edificio actual la colección Farnesio y la colección vesubiana, que constituyen los dos núcleos principales del Museo Arqueológico Nacional de Nápoles - MANN. Aquí también se encuentra una importante colección de objetos egipcios, que se sitúa en riqueza solo después de la del Museo Egipcio de El Cairo y del Museo Egipcio de Turín.

El palacio, construido a finales del siglo XVI con la finalidad de ser una caballeriza y desde 1616 sede de la Universidad, fue objeto a partir de 1777 de una larga fase de trabajos de reestructuración, encomendados a los arquitectos Fuga y Schiantarelli. Las primeras exhibiciones vieron la luz durante el Decenio francés (1806-1815) y, con el regreso de los Borbones a Nápoles en 1816, el Museo asumió la denominación de Real Museo Borbónico. Concebido como una institución de carácter enciclopédico, en el edificio se alojaron varios institutos y laboratorios, posteriormente trasladados a otras sedes.

Con la Unificación de Italia, el Museo se convirtió en Nacional. Sus colecciones se han ido enriqueciendo progresivamente a través de los objetos provenientes de excavaciones realizadas en Italia Meridional, además del coleccionismo privado.

La transferencia de la Pinacoteca a Capodimonte en 1957 determinó su actual fisonomía de Museo Arqueológico.