Le Musée Archéologique National de Naples - MANN est l'un des plus anciens et des plus importants au monde pour sa richesse et son unicité en matière de patrimoine archéologique. L'origine et la formation de ses collections sont liées à la figure de Carlo III di Borbone qui, monté sur le trône du Royaume de Naples en 1734, a promu l'exploration des villes vésuviennes ensevelies par l'éruption de l'an 79 après J.-C. et le projet d'un Musée Farnésien, avec le transfert en ville d'une partie de la riche collection héritée de sa mère Elisabetta.

C'est à son fils Ferdinando IV que l'on doit la décision de réunir dans le bâtiment actuel la collection Farnèse et la collection vésuvienne, qui constituent les deux principaux noyaux du Musée Archéologique National de Naples - MANN. Une importante collection de pièces égyptiennes y est également conservée, se classant en termes de richesse juste après celle du Musée Égyptien du Caire et du Musée Égyptien de Turin.

Le palais, construit à la fin du XVIe siècle avec la destination de manège et devenu siège de l'Université en 1616, a été affecté à partir de 1777 par une longue phase de travaux de rénovation, confiés aux architectes Fuga et Schiantarelli. Les premiers aménagements ont vu le jour pendant la Décennie française (1806-1815) et, avec le retour des Bourbons à Naples en 1816, le Musée a pris le nom de Musée Royal Bourbonien. Conçu comme une institution encyclopédique, divers instituts et laboratoires ont été hébergés dans le bâtiment, puis transférés dans d'autres locaux.

Avec l'Unité italienne, le Musée est devenu National. Ses collections se sont progressivement enrichies grâce aux reliques provenant de fouilles menées dans le Sud de l'Italie, ainsi que par le collectionnisme privé.

Le transfert de la Pinacothèque à Capodimonte en 1957 a déterminé son aspect actuel de Musée Archéologique.