El Museo de San Isidro. Los orígenes de Madrid es la institución municipal encargada de salvaguardar y difundir el patrimonio arqueológico recogido por el Ayuntamiento de Madrid y su colección abarca desde la Prehistoria hasta el traslado de la Corte a Madrid en 1561 por orden de Felipe II.

Erigida en el año 2000 sobre el lugar donde, según la tradición, se encontraba la Casa de los Vargas, patronos de San Isidro , en el nuevo edificio se han integrado los elementos originales conservados: la capilla de los siglos XVII y XVIII, el Pozo del Milagro y el patio renacentista del siglo XVI.

Conserva una valiosa colección arqueológica y paleontológica , un jardín arqueobotánico y una interesante representación iconográfica de San Isidro , patrón de Madrid. Destacan el elefante de Orcasitas, el brazalete dorado de la Torrecilla, el mosaico romano de Carabanchel y el magnífico cenotafio de Beatriz Galindo, la Latina.

La exposición permanente del Museo se divide en tres áreas temáticas:

Antes de Madrid acerca al visitante a las sucesivas culturas que, a través del Paleolítico, la edad de los metales, el mundo romano y visigodo, irán configurando ese espacio previo sobre el que surgirá la ciudad.

«Mayrit-Madrid» presenta la historia de la ciudad desde su fundación hasta mediados del siglo XVI con esa dualidad de medina islámica y ciudad cristiana que, en realidad, se mezclaron y mezclaron a lo largo de la Edad Media.

“San Isidro” : está enteramente dedicada al santo madrileño y su esposa, Santa María de la Cabeza.