El sitio de la antigua ciudad de Naxos (ahora el Parque Arqueológico) se extiende al sur del centro moderno de Giardini Naxos. Ocupa el promontorio de Schisò al sur de Taormina y cubre un área de unas 40 hectáreas entre el arroyo Santa Venera al oeste y la amplia bahía al este, una vez que el puerto de la colonia.

Naxos es la primera colonia griega de Sicilia, fundada en la segunda mitad del siglo VIII a. C. por Calcidesi de Eubea y por Nassi de la homónima Naxos de las Cícladas. El Museo, primera parada del itinerario de la visita que serpentea por el casco urbano, fue construido en correspondencia con Capo Schisò, aprovechando el espacio de una fortaleza borbónica que a su vez había incorporado una torre de finales del siglo XVI que custodiaba la entrada a la Puerto. La exposición, en dos plantas, sigue un criterio cronológico y topográfico, ofreciendo una muestra significativa de los numerosos artefactos encontrados en las excavaciones realizadas durante más de cincuenta años.

En la planta baja hay, en primer lugar, un pequeño núcleo de materiales de particular interés, comprados en Taormina por Paolo Orsi o donados a él o provenientes de investigaciones realizadas por él: los objetos funerarios de la segunda mitad del siglo VIII a. C. de Cocolonazzo. di Mola, evidencia efectiva del encuentro entre los colonos griegos y las poblaciones locales (los sicilianos) o los utensilios de un armario de la Edad del Bronce tardía de Malvagna. La sala de la planta baja está entonces íntegramente dedicada a los hallazgos prehistóricos y al momento más temprano de la vida de la colonia, con cerámicas encontradas en el pueblo (copas, jarros, platos, ánforas hydriai, deinoi) y en la necrópolis (jarrones para ungüentos, tazas ), cerámica importada de Grecia, pero sobre todo producida localmente a imitación de los tipos griegos.

Las dos salas de la planta superior ilustran de forma exhaustiva los espacios sagrados (urbanos y extraurbanos), el habitado arcaico y clásico, el arsenal naval, la necrópolis (del siglo V al III a. C.), la artesanía actividades y la fase bizantina de la vida del sitio.

Entre los muchos artefactos expuestos se encuentran las losas de revestimiento arquitectónico de edificios sagrados y las antefijas con máscara silénica y gorgónica, elementos decorativos de los techos colocados en los extremos de las tejas, cuya producción, aunque con diferentes tipos, se ha desarrollado desde los últimos décadas del VI hasta finales del V a. C. confirmando la difusión del culto a Dionisio en Naxos, cuya imagen divina caracteriza la acuñación de la colonia desde las primeras emisiones.