Il sito dell’antica città di Naxos (ora Parco Archeologico) si estende a sud del moderno centro di Giardini Naxos. Occupa il promontorio di Schisò a Sud di Taormina e comprende una superficie di circa 40 ettari tra il torrente Santa Venera a ovest e l’ampia baia ad est un tempo porto della colonia.

Naxos è la prima colonia greca di Sicilia, fondata nella seconda metà dell’VIII secolo a.C. da Calcidesi dell’Eubea e da Nassi dalla omonima Naxos delle Cicladi. Il Museo, prima tappa dell’itinerario di visita che si snoda all’interno dell’area urbana, è stato realizzato in corrispondenza del Capo Schisò, sfruttando lo spazio di un fortino borbonico che a sua volta aveva inglobato una torre tardo cinquecentesca a guardia dell'imboccatura del porto. L’esposizione, su due piani, segue un criterio cronologico e topografico, offrendo una campionatura significativa dei moltissimi reperti rinvenuti negli scavi condotti da oltre cinquant’anni.

Al piano terra si segnala innanzitutto un piccolo nucleo di materiali di particolare interesse, acquistati a Taormina da Paolo Orsi o a lui donati o provenienti da ricerche da lui condotte: i corredi funerari della seconda metà dell'VIII secolo a.C. da Cocolonazzo di Mola, efficace evidenza dell'incontro tra coloni greci e popolazioni locali (i siculi) o gli utensili da un ripostiglio della tarda età del bronzo da Malvagna. La sala del piano terra è poi interamente dedicata ai rinvenimenti preistorici e al momento più antico di vita della colonia, con ceramiche rinvenute nell’abitato (coppe, boccali, piatti, anfore hydriai, deinoi) e nella necropoli (vasi per unguenti, coppe), ceramiche importate dalla Grecia, ma soprattutto prodotte in loco ad imitazione dei tipi greci.

Le due sale del piano superiore illustrano in modo esaustivo le aree sacre (urbane ed extra urbane), l’abitato arcaico e classico, l’arsenale navale, le necropoli (dal V sec. al III sec. a.C.), le attività artigianali, e la fase bizantina di vita del sito. 

Tra i moltissimi manufatti esposti si segnalano le lastre di rivestimento architettonico degli edifici sacri e le antefisse a maschera silenica e gorgonica, elementi decorativi dei tetti posti all’estremità dei coppi, la cui produzione, pur con diversi tipi, si sviluppa dagli ultimi decenni del VI sino a tutto il V a.C. a conferma della diffusione del culto di Dioniso a Naxos, la cui immagine divina caratterizza la monetazione della colonia sin dalle prime emissioni.